El museu divideix l’espai expositiu en dues gran àrees:
En primer lloc, l’àrea de paleontologia mostra l’evolució paleogeogràfica del territori a través dels testimonis d’infinitat de sers que van viure en la nostra zona fa milions d’anys.
L'illa de Tabarca és una illa xicoteta que cobreix un àrea de tan sols 0,3 km2. En realitat és un xicotet arxipèlag de 1800m de llarg i 400m d'ample. Santa Pola és el punt més proper en la península a l'illa de Tabarca, que és l'única illa habitada a la Comunitat Valenciana. Tabarca és una destinació única amb una història interessant que ens recorda el que va inspirar als artistes i va cridar l'atenció dels pirates. De fet, per a acabar amb la pirateria, l'illa va ser fortificada i habitada per residents de la illa Tabarqah (Tabarka) a Tunísia.
El Camí del Sud-est a Santiago ix de la ciutat d'Alacant i transcorre per les províncies d'Alacant, Múrcia, Toledo, Madrid i Zamora on enllaça a Benavente amb la Via de la Plata o a Astorga amb el Camí Francés. A l'altura d'Albacete conflueix amb el Camí de Llevant que ve des de València.
Prop del parc d'oci, el Museu de l'Havanera i el Centre d'Interpretació de la Indústria Salinera, es troba l'inici de la Via Verda. Prompte veurem les enormes muntanyes de sal i passarem entre les Llacunes de la Mata i Torrevella, vorejant aquesta última, considerada la llacuna salada més gran d'Europa, amb més de 7 km de longitud i 25 de perímetre. Aquest parc natural és un dels més importants de la Comunitat Valenciana i el de major extensió de llacunes després de l'Albufera de València.
Sobre una complexa orografia es va construir durant la dictadura de Primo de Ribera aquest ferrocarril que significava un repte per a l'enginyeria de l'època. Les obres d'infraestructura es finalitzaren l’any 1932, però la guerra civil va suposar la seua paralització i l'estesa de les vies mai va arribar a executar-se. Informes en els anys 60 van desestimar la seua continuació i el seu traçat, fins que a l’any 1984 l'antiga plataforma va quedar per a altres fins.
Ruta molt curta que recorre l'entorn periurbà de la ciutat d'Ibi, on s'alternen bancals d'ametlers i oliveres. L'antiga via abandonada discorre per l'àmplia vall agrícola que separa la serra del Menejador (al nord) que forma part del Parc Natural del Carrascar de la Font Roja, i la serra del Quarter al sud.
També coneguda com la Via Verda de les Virtudes, el nom de Xixarra ve de l'apel·latiu que tenien tots els trens alacantins pel seu aspecte exterior i en referència al monòton soroll de les locomotores comparades amb el so de les xitxarres que abundaven al llarg de tot el trajecte.
Formava part de l'antic traçat que cobria dos diferents ferrocarrils connectats entre si: el que recorria Villena-Alcoi-Yecla i la línia Alcoi-Gandia. Ambdós s'unien a Muro del Comtat.
Està construïda sobre l'antic ferrocarril Alcoi-Alacant que permetia l'exportació dels productes manufacturats d'Alcoi. Des del moment que deixem la ciutat, el recorregut s'acosta al parc Natural del Carrascar de la Font Roja, gaudint de la gran diversitat paisatgística de l'entorn, circulant entre pins, carrasques, aurons, freixes i roures valencians.
Aquesta Via Verda va ser inaugurada en un primer moment com un recorregut dins de la xarxa de Camins Naturals. Segueix el traçat de l'antic ferrocarril Carcaixent-Dénia que transportava taronges fins als ports de Gandia i Dénia per a la seua exportació.