La Col·legiata Basílica de Santa Maria es coneix popularment com a La Seu, malgrat que la ciutat no ha vista satisfeta la seua aspiració de convertir-se en seu episcopal. És, sense cap dubte, junt amb el Castell, l’edifici més emblemàtic. Ha estat declarada Bé d’Interés Cultural.
Es va començar a construir a finals del segle XVI, sobre el solar de l’antiga mesquita, es va demorar més de quatre segles i, encara hui, es manté inacabada. La planta és de creu llatina, amb creuer molt accentuat i girola, amb l'estil i les dimensions de les grans catedrals gòtiques. El conjunt és d’influència herreriana.
El campanar de 60 metres d’altura és del segle XIX i està rematat per un templet dedicat a la Verge de les Neus, patrona de la ciutat, al qual es pot accedir després de pujar 180 escalons. A la porta principal de la Seu, que no es va acabar fins el primer terç del segle XX, figuren les estàtues en bronze dels dos papes Calixt III i Alexandre VI.
El Museu Col·legial alberga els tresors principals de la Seu; una col·lecció important d’art sacre amb peces de pintura gòtica, com els retaules atribuïts al valencià Jacomart, i destacades mostres d’orfebreria relacionades amb la litúrgia i els papes Borja.
La Custòdia Major, albergada al museu, és una peça d’orfebreria del gòtic flamíger del segle XV. Ix cada any en processó amb motiu de la celebració del Corpus. Conta la tradició que es va fabricar amb la primera plata arribada d’Amèrica, que els Reis Catòlics van regalar al papa Alexandre VI, i que aquest va donar a la Col·legiata. També podem trobar al museu el Calze de Calixt III, una peça d’orfebreria gòtica en or que el papa Calixt III va regalar a la Col·legiata. Presenta sis medallons amb escenes al peu, i altres tantes al nus i a la copa. El retaule de Santa Anna, també conegut com de Calixt III, que el va encarregar per a la capella familiar en la Col·legiata. Aquest retaule és una obra clau de la pintura gòtica valenciana, ja que mostra la transició del gòtic a la renaixença.