La Colegiata Basílica de Santa María es conocida popularmente como La Seu, a pesar de que la ciudad no ha visto satisfecha su aspiración de convertirse en sede episcopal. Es sin duda, junto al Castell, el edificio más emblemático. Ha sido declarada Bien de Interés Cultural.
Su construcción se inició a finales del siglo XVI, sobre el solar de la antigua mezquita, se demoró más de cuatro siglos y aún hoy se mantiene inacabada. La planta es de cruz latina, con crucero muy acentuado y girola, con el estilo y las dimensiones de las grandes catedrales góticas. El conjunto es de influencia herreriana.
El campanario de 60 metros de altura es del siglo XIX y está rematado por un templete dedicado a la Virgen de las Nieves, patrona de la ciudad, al que se accede tras subir 180 escalones. En la puerta principal de la Seu, que no se terminó hasta el primer tercio del siglo XX, figuran las estatuas en bronce de los dos papas Calixto III y Alejandro VI.
El Museo Colegial alberga los principales tesoros de la Seu; una colección importante de arte sacro con piezas de pintura gótica, como los retablos atribuidos al valenciano Jacomart, y destacadas muestras de orfebrería relacionadas con la liturgia y los papas Borja.
La Custodia Mayor, albergada en el museo, se trata de una pieza de orfebrería del gótico flamígero del siglo XV. Sale cada año en procesión, con motivo de la celebración del Corpus. Cuenta la tradición que se fabricó con la primera plata llegada de América, que los Reyes Católicos regalaron al papa Alejandro VI, y éste donó a la Colegiata. También se encuentran en el museo, el Cáliz de Calixto III, una pieza de orfebrería gótica en oro que fue regalada a la Colegiata por el papa Calixto III. Presenta seis medallones con escenas en el pie, y otros tantos en el nudo y en la copa. El retablo de Santa Ana, también conocido como de Calixto III, que fue quien lo encargó para la capilla familiar en la Colegiata. Este retablo es una obra clave de la pintura gótica valenciana, puesto que muestra la transición del gótico al renacimiento.