L’Hospital de Sant Marc va ser una institució per a pobres i viatgers que va estar actiu durant més de 600 anys, des del segle XIV fins a 1973. La fundació d’aquesta institució és anterior als Borja, encara que s’atribueix al Duc Alfons el Vell. La mare de Francesc de Borja va adquirir diverses vivendes annexes a l’hospital per tal d’ampliar-lo. L’ampliació va culminar amb el seu fill.
D’aquest edifici podem destacar la Sala d’Homes, amb arcs apuntats. L’edifici és d’estil gòtic valencià, on destaquen les voltes de la Sala de les Dones, i és una de les joies arquitectòniques de visita obligada.
Actualment, l’Hospital de Sant Marc acull el Museu Arqueològic de Gandia, també conegut com a MAGa. A més, l’edifici acull també, des de 2015, el Museu de Santa Clara, amb part de la important col·lecció artística de la Comunitat de les Germanes Pobres de Santa Clara que les monges franciscanes han conservat al llarg dels segles. Algunes de les obres són donacions de la família Borja. Existeix un conveni amb la Universitat Politècnica de València perquè s’encarreguen de la conservació i la gestió de les obres del monestir.