El Hospital de Sant Marc fue una institución para pobres y viajeros que mantuvo su actividad durante más de 600 años, desde el siglo XIV hasta 1973. La fundación de esta institución es anterior a los Borgia, aunque se atribuye al Duque Alfonso el Viejo. La madre de Francisco de Borja adquirió varias viviendas anexas al hospital para ampliarlo. La ampliación culminó con su hijo.
De este edificio destacan la Sala de Hombres, con arcos apuntados. El edificio tiene un estilo gótico valenciano y destacan las bóvedas de la Sala de las Mujeres, y es una de las joyas arquitectónicas de visita obligada.
Actualmente, el Hospital de Sant Marc acoge el Museo Arqueológico de Gandía, también conocido como MAGa. Además, el edificio acoge también desde 2015 el Museo de Santa Clara, con parte de la importante colección artística de la Comunidad de las Hermanas Pobres de Santa Clara que las monjas franciscanas han conservado a lo largo de los siglos. Algunas de las obras son donaciones de la familia Borgia. Existe un convenio con la Universidad Politécnica de València para que se encarguen de la conservación y gestión de las obras del monasterio.