La creació del Col·legi-Seminari de Corpus Christi està directament relacionada amb el gran esforç de renovació i reforma de l'Església Catòlica impulsat per la celebració de l’importantíssim Concili de Trento. Un colp nomenat arquebisbe de València, Joan de Ribera, es va aplicar promoure les noves disposicions conciliars, que no eren acceptades per tots, sobre les bases establertes amb gran esforç, pel seu antecessor, el sant arquebisbe Tomàs de Villanueva.
Este reial col·legi, conegut entre els valencians com a Col·legi del Patriarca, va tindre com a principal missió la formació de sacerdots segons l'esperit i les disposicions del Concili de Trento. El conjunt de les edificacions del Col·legi va ser construït entre 1586-1604 per un equip de paletes i picapedrers dirigits pel bisbe auxiliar Miguel de Espinosa, el qual va contractar les parts més importants, claustre i capella amb el famós picapedrer Guillem del Rey. La notable construcció que va resultar adquireix, per la seua modernitat i avantguardisme, un extraordinari interés tant en relació amb el que es construïa a la València de l'època com el conjunt de l'arquitectura del Renaixement a Espanya, on manifesta una plena assimilació de les novetats italianes difoses pels tractats arquitectònics.
L'amplíssima col·lecció d'obres d'art recull un significatiu nombre de peces d'indumentària religiosa i ornamentació litúrgica que van des del segle XIV fins a l'actualitat. Estes peces de caràcter religiós són exemples, en molts dels casos, de la producció sedera valenciana en totes les seues tècniques. D'altra banda, també hi ha obres pictòriques de primera magnitud que reflectixen vestimentes de seda, així com escultura, talles, frescos, tapissos. Cal destacar l'arxiu de protocols notarials que consta de 29.064 protocols que van des del segle XIV fins al XIX.
El Col·legi del Patriarca Sant Joan de Ribera va ser declarat Monument Històric Artístic Nacional en 1962 i Bé d'Interés Cultural el 2007.