L’any 1952 es va crear un gabinet per a les classes de Ciències i de Física i Química, destinat als estudis superiors, a l’escola dels Pares Carmelites d’Onda. En 1957 es va duplicar l’extensió i es va obrir al públic. En 1962 es va parlar d’un avantprojecte per a "un nou Museu”, que allotjara els continguts que al llarg dels anys havien anat col·leccionant els Pares Carmelites i que es va ubicar als terrenys que els mateixos Pares Carmelites tenien annexos al Convent i a l’Esglèsia. A finals de 1963 van començar les obres i el nou Museu va començar a funcionar en 1965.
El Museu es troba en un edifici dividit en tres plantes i amb un gran espai comú al centre.
En la planta baixa podem trobar 32 vitrines amb la fauna del món, excepte les aus de dimensions menors, que es troben a la planta primera. En aquesta planta baixa trobem també la biblioteca i la sala d’exposicions temporals, l’aula de projeccions i una altra aula, amb capacitat per a seixanta persones, on es porten a terme xerrades, projeccions audiovisuals, audicions i classes específiques.
En la primera planta, junt a les aus de xicotet tamany, podem trobar altres seccions d’Osteologia, Anatomia, Malacologia (mol·luscos), Oologia (ous), Fitopatologia, Entomologia i Botànica.
La segona planta ens mostra un estudi de la matèria, la formació de l’univers, la terra, l’evolució fins a formar vida i l’evolució d’aquesta fins a hui en dia.
Açò és tot el que podem descobrir durant la nostra visita a la Col·lecció de Ciències Natural "El Carme": més de 2.000 espècies de mamífers, aus, peixos, rèptils, crustacis i batracis. També una secció d'invertebrats amb prop de 5.500 espècies, més de 1.500 plantes als herbaris, 3.500 minerals, més de 500 fòssils, i el mateix nombre a la secció de Malacologia. Mig centenar de peces anatòmiques i altres tantes a la secció d’Osteologia.